6.3 Работа с WHONET

WHONET – это бесплатное настольное приложение Windows для управления и анализа данных микробиологических лабораторий с особым упором на наблюдение за устойчивостью к АМП. Программа разработана и поддержана Сотрудничающим центром ВОЗ по надзору за устойчивостью к АМП [68] .

Официальный сайт программы, где она доступна для загрузки – https://whonet.org.

Помимо встроенных справочников материалов, организмов и антибиотиков, программа имеет уже настроенные критерии интерпретации чувствительности EUCAST и CLSI (M100, M45, M60, M61, доступ к беcплатным ресурсам, в том числе ветеринарным VET03, VET04, VET06 и VET08), настроенные панели тестирования для каждого вида микроорганизмов и встроенную экспертную систему.

WHONET также включает модуль импорта данных под названием BacLink для сбора и стандартизации данных из существующих настольных приложений, лабораторных приборов и лабораторных информационных систем [69] . Подробнее о работе с данным модулем можно прочитать на официальном сайте программы, а также в разделе, посвященном работе с BacLink.

Механизмы построения отчетов предоставляют широкие возможности для анализа данных чувствительности. Данное руководство не ставит себе целью описывать все возможности программы WHONET, для этого лучше обратиться к официальной документации программы [70] , либо воспользоваться справкой в самой программе.

6.3.1 Создание новой лаборатории

Для начала работы с WHONET необходимо создать и сконфигурировать новую лабораторию [71] . При первом запуске программы предлагается выбрать лабораторию с демонстрационными данными.

Чтобы создать новую лабораторию, в стартовом окне программы необходимо нажать кнопку Новая лаборатория, в открывшемся окне выбрать страну Российская Федерация, ввести произвольное название лаборатории и указать её код. Код следует указывать латинскими символами, так как он будет использоваться в качестве расширения по умолчанию для всех файлов, связанных с созданной лабораторией. В дальнейшем при создании новых лабораторий можно копировать конфигурации лабораторий с помощью кнопки Скопировать лабораторию.

После этого необходимо пройти дополнительные шаги настройки, связанные с непосредственной деятельностью лаборатории, поэтому требуется заранее собрать информацию о АМП и методах тестирования, используемых в лаборатории, а также о стационарах, с которыми взаимодействует лаборатория и откуда поступают образцы.

6.3.1.1 Настройка антибиотиков (обязательно)

Для открытия окна настройки антибиотиков, методов и контрольных точек нужно нажать кнопку Антибиотики. Появится окно со списком антибиотиков, доступных в WHONET, (слева) и списков антибиотиков для работы в лаборатории.

Порядок добавления антибиотиков в лабораторию следующий:

  1. Выбрать надлежащие рекомендации (рекомендуется EUCAST).
  2. Кликнуть на нужный метод тестирования (DDM, MIC, Е-тест).
  3. Выбрать подходящий антибиотик (и нагрузку диска, если речь идет о диско-диффузионном методе).

Чтобы выбрать антибиотик, нужно дважды кликнуть по нему или же кликнуть по нему один раз, а затем нажать на кнопку со стрелкой вправо –>. Для удаления выбранного антибиотика нужно нажать кнопку со стрелкой влево <–.

Дальнейшие настройки антиботиков необязательны, но тем не менее могут быть полезны.

6.3.1.2 Пограничные значения для антибиотиков (Breakpoints) (необязательно)

При вводе данных чувствительности программа автоматически интерпретирует их, исходя из установленных пограничных значений. В большинстве случаев их менять не требуется, но для особых случаев предусмотрена такая возможность. Чтобы открыть окно редактирования пограничных значений, требуется нажать кнопку Breakpoints.

Доступны следующие опции:

  • Общие – используются для установки пограничных значений для всех видов.
  • Видоспецифические – используются для установки пограничных значений для конкретных видов, по приоритету стоят выше общих (для EUCAST заполняются только видоспецифические пограничных значения). Все изменения необходимо осуществлять именно здесь.

Квалифицированные правила интерпретации служат для создания экспертных правил интерпретации.

6.3.1.3 Наборы антибиотиков (Панели) (необязательно)

В целях упрощения ввода данных присутствует возможность настроить панели тестируемых антибиотиков для каждой группы микроорганизмов с помощью кнопки Наборы. В открывшемся окне можно указать, какие антибиотики тестируются по каждому виду микроорганизмов. Однако в момент ввода данных допускается добавление результатов для антибиотиков, не предусмотренных в панели.

6.3.1.4 Отделение

Данная опция является необязательной с точки зрения работы программы WHONET, но обязательна в рамках организации мониторинга АР.

В рамках данного справочника можно завести несколько отделений из разных учреждений. При этом используется трехуровневая иерархическая структура: Учреждение – Отделение – Тип отделения. Справочники учреждений и отделений при этом могут быть отредактированы самим пользователем.

6.3.1.5 Поля данных

Программа WHONET автоматически определяет набор стандартных полей данных. К стандартным полям относится такая информация, как уникальный идентификатор пациента, местонахождение, дата получения образца, тип образца, микроорганизм/возбудитель, панель антибиотиков.

Для организации полноценного мониторинга АР может потребоваться внесение дополнительных полей, таких как диагноз пациента, локализация инфекции, другие значимые данные. Чтобы добавить такие поля, требуется нажать кнопку Поля данных в окне настройки лаборатории. Откроется окно Поля данных, в нем необходимо нажать кнопку Изменить список.

Слева находятся списки категорий данных WHONET (клинические данные, инфекционный контроль и т.п.) и полей данных (диагноз, дата поступления пациента и т.п.), из которых пользователь может выбирать нужные ему категории и поля. Справа – поля, которые доступны в конфигурации текущей лаборатории. Поля добавляются двойным нажатием либо кнопкой –>.

Для того, чтобы добавить поле, которое отсутствует в списке, нужно дважды кликнуть по пункту (Определенный для пользователя…) и в появившемся окне указать название, тип и описание нового поля.

Для полей можно определить справочники, которые будут использоваться для заполнения. Это позволит снизить количество ошибок, а также увеличит скорость ввода за счет кодов. Чтобы определить такие справочники, необходимо выбрать поле и нажать кнопку Код список.

На этом настройку лаборатории можно считать завершенной. После сохранения конфигурации можно приступать к вводу данных. Остальные разделы настройки являются более специфичными и не относятся к теме данного руководства. Работа с ними подробно описана в официальной документации к программе.

6.3.2 Ввод данных

Для организации хранения и формирования интерфейса для ввода информации WHONET использует структуру данных, определенную текущими настройками лаборатории. Структура данных – это своего рода инструкции, как должен быть устроен файл с данными. На основании структуры данных для лаборатории можно создать один или несколько файлов с данными. Это может быть полезно в случаях, когда одной конфигурацией пользуется несколько лабораторий одновременно, либо одна лаборатория хранит данные за разные периоды в разных файлах на диске.

Чтобы начать ввод, необходимо создать новый или выбрать существующий файл данных.

Откроется окно ввода данных.

Данные необходимо вводить в поля, расположенные в левой половине экрана. Когда курсор переключается на то или иное поле для ввода данных, в правом нижнем углу экрана появляются краткие инструкции и рекомендуемые коды данных для этого поля. Переходить по полям можно с помощью кнопок Enter, Tab, стрелками. После ввода даты и перехода к следующему полю пользователю следует убедиться в том, что дата была прочитана верно: WHONET автоматически преобразует числовое обозначение месяца в название месяца. При введении даты год может быть введен как в виде двузначной, так и в виде четырехзначной цифры. Числа, обозначающие день, месяц и год, должны быть разделены косой чертой /, дефисом или пробелом.

После того как будут введены все данные об изоляте, нужно нажать кнопку Сохранить изолят (или комбинация клавиш Alt+С). WHONET предложит три варианта сохранения записи:

  • сохранить изолят,
  • сохранить и продолжить работу с тем же изолятом,
  • сохранить и продолжить работу с тем же пациентом.

Выбор одной из этих опций сохраняет информацию и очищает экран Ввод данных для ввода данных следующего изолята (полностью или частично).

6.3.3 Просмотр данных

При открытии файла данных всегда по умолчанию открывается форма для ввода нового образца. Чтобы посмотреть информацию по всем образцам в файле, нужно нажать на этой форме кнопку Просмотреть базу данных.

По данной таблице можно осуществлять поиск, удаление записей, вывод результатов на печать и даже осуществлять быстрое редактирование для некоторых полей. Чтобы перейти к полноценной форме редактирования, требуется выделить интересующую строку и нажать кнопку Редактировать.

6.3.4 Объединение данных

К преимуществам WHONET можно отнести концепцию разделения конфигурации лаборатории и ее файла данных. Благодаря этому на основе одной конфигурации можно создавать несколько файлов данных с одинаковой структурой и «протоколом» хранения для разных лабораторий, а затем объединять и агрегировать эти данные. На этом принципе построена работа в таких междунароных системах эпиднадзора за устойчивостью к АМП, как GLASS и CAESAR.

Порядок действий для объединения файлов WHONET, полученных от разных центров/лабораторий/стационаров:

  1. Выбрать лабораторию с требуемой конфигурацией, нажать кнопку Открыть лабораторию.
  2. В меню Ввод данных выбрать пункт Объединять, экспортировать или шифровать файлы данных.
  1. В появившемся окне выбрать файлы, которые требуется объединить с помощью кнопки Файлы данных, указать, куда сохранить объединенный файл данных. Если данный файл предполагается передавать в сторонние центральные лаборатории или другие организации, необходимо отметить галочку Зашифровать информацию о пациентах. В этом случае персональные данные в объединенном файле будут удалены. Для начала процесса объединения необходимо нажать кнопку Совместить.

6.3.5 Экспорт данных

Одно из главных преимуществ WHONET состоит в возможности обмениваться стандартизированными данными с другими лабораториями, например, в национальной сети эпиднадзора.

Однако текущая версия WHONET не имеет достаточно гибких возможностей для углубленного анализа и представления данных, а также существенно ограничена при использовании мультидисциплинарной командой с целью мониторинга АР. Получаемые отчеты лишены интерактивности и удобных возможностей быстрого переключения параметров и сравнения полученных результатов. Для этого гораздо удобнее использовать AMRcloud. Существует возможность подготовить данные, хранящиеся в датафайлах программы WHONET, к загрузке в AMRcloud.

В общем случае алгоритм следующий:

  1. Открыть в программе лабораторию, из которой нужно получить данные, выбрать в меню Анализ данных пункт Анализ данных.
  1. Выбрать Тип анализа – Список изолята и сводка. В разделе Формат отчетов выбрать пункт Результат загрузки.
  1. Выбрать Микроорганизмы, которые требуется включить в анализ.
  1. Выбрать файл данных.
  2. Установить вывод результата в формате Текст (WHONET).
  3. Указать, куда сохранить файл экспорта.

Нажать кнопку Начать анализ. Программа сформирует текстовый файл, который необходимо загрузить в онлайн-конвертер, доступный по ссылке https://public.amrcloud.net/whonet. После прохождения всех шагов работы конвертера появится файл, пригодный для загрузки в AMRcloud.

Более подробное описание процедуры экспорта и работы с конвертером можно найти в официальном руководстве по ссылке https://amrcloud.net/ru/tutorials/whonet-converter.

Изменено 15 января 2024