6. Приложения

• 6.1 Шаблон направления на микробиологическое исследование
• 6.2 Работа с шаблоном, справочниками и словарями
• 6.3 Работа с WHONET
• 6.4 Работа с BACLINK
• 6.5 Стандартные эпидемиологические определения случая инфекции

6.1 Шаблон направления на микробиологическое исследование

Ссылка для скачивания шаблона: https://monitoring.amrcloud.net/files/appointment.docx

6.2 Работа с шаблоном, справочниками и словарями

6.2.1 Шаблон данных

Шаблон данных является базовым элементом для организации мониторинга АР и представляет файл формата .xlsx и включает себя следующие страницы:

• «ИРК_1» – пример таблицы для ввода данных.
• «Словари» – наборы справочных наименований (микроорганизмы и группы микроорганизмов, профиль отделения, локализация инфекций, клинический материал).
• «Антибиотики справка» – наименования АМП с учетом метода определения чувствительности (суффиксы формата «_mic», «_dd», «_sir», подробнее см. раздел 4.4. Правила оформления и хранения данных.

Шаблон данных может быть скачан по ссылке https://monitoring.amrcloud.net/files/template.xlsx и адаптирован с учетом специфики конкретного учреждения.

6.2.2 Добавление новых строк в шаблон

При внесении данных в шаблон может возникнуть ситуация, когда подстановки будут активны только для окрашенных ячеек, а если продолжать заполнять таблицу, то выпадающие списки пропадут. Для того, чтобы выпадающие списки с подстановками продолжали формироваться и для новых строк, необходимо добавлять такие строки следующим образом:

1. Выделить первую свободную строку после заполненнных. На панели инструментов, на вкладке Главная, в разделе Ячейки, нажать кнопку Вставить, выбрать пункт Вставить строки на лист.

6.2.3 Добавление новых значений в существующие словари/создание новых словарей

Допустим, в файл Шаблон_AMRcloud.xlsx потребовалось добавить новые значения во встроенные справочники. Например, в список отделений необходимо внести новое отделение – Нейрохирургия. Для этого необходимо сделать следующее:

1. Перейти на лист Словари, найти столбец с нужным справочником и добавить недостающее значение (напечатав значение в ячейку).

2. На листе ИРК_1 выделить диапазон ячеек, в котором содержатся значения отделений. На панели инструментов во вкладке Данные, в разделе Работа с данными нажать на кнопку Проверка данных и выбрать пункт Проверка данных.

3. В открывшемся диалоговом окне Проверка вводимых значений выбрать Тип данных: Список, отметить галочку Список допустимых значений, и после клика в поле Источник выделить рамкой диапазон ячеек на листе Словари, в которых будут храниться значения подстановки. Нажать ОК.

6.2.4 Замена существующих значений

Допустим, в таблице имеется заполненный столбец с кодами отделений и его требуется перекодировать в полное наименование. Например, закодированы они как ХИР1, ХИР2, ХИР3, ХИР4. Необходимо их автоматически переименовать в «Общая хирургия», «Урология», «Гнойная хирургия», «Торакальная хирургия».

Для этого следует использовать встроенную в Excel функцию ВПР().

Синтаксис функции следующий:

ВПР(искомое_значение; таблица; номер_столбца; интервальный_ просмотр)

• искомое значение – значение, которое необходимо заменить;
• таблица – ссылка на диапазон ячеек со словарем, который будет использоваться при замене;
• номер_столбца – номер столбца из таблицы, значения которого будут использоваться в качестве замены;
• интервальный_просмотр – может принимать 2 значения: ИСТИНА (поиск значения ближайшего к критерию или совпадающее с ним) и ЛОЖЬ (поиск значения в точности совпадающее с критерием).

Общий порядок действий для осуществления такой замены следующий.

1. Создать словарь замен на новом листе.

2. На листе ИРК, рядом со столбцом с сокращенными названиями Отделение Сокр, добавить два новых пустых столбца – Отделение Полное 1 и Отделение Полное 2. В первый столбец вставить функцию =ВПР(I2; Замены!$A$2:$B$5;2;ЛОЖЬ), где:

• I2 – ссылка на значение, которое предполагается заменить (в примере это столбец I, строка 2);
• Замены!$A$2:$B$5 – ссылка на диапазон ячеек, в котором содержатся данные для замены;
• 2 – это номер столбца в диапазоне ячеек для замен, откуда будут браться полные значения;
• ЛОЖЬ – мы сообщаем функции, что нужно использовать точное совпадение.

3. После растягивания функции на все ячейки скопировать результат и вставить в столбец Отделение Полное 2 в режиме Значения. Столбец (Отделение Полное 1) с функцией удалить.

6.2.5 «Разворачивание» таблицы

Возможна ситуация, когда ЛИС либо иная информационная система выдает отчет в формате, где информация по одному изоляту содержится более чем в одной строке. Например, результаты тестирования для каждого из изолятов написаны в строках, при этом идентификатор изолята повторяется.

Для приведения такой таблицы к формату, пригодному для загрузки в AMRcloud (где требуется, АМП находились в столбцах, а запись для каждого изолята была представлена единственной строкой) следует выполнить ряд действий.

1. Добавить новый столбец и пронумеровать все имеющиеся строки.

2. На вкладке Вставка панели инструментов нажать кнопку Сводная таблица. В диалоговом окне выбрать таблицу с учетом добавленного столбца с номерами строк и отметить, что отчет сводной таблицы следует поместить на новый лист.

3. Excel предложит заполнить поля сводной таблицы, перетаскивая поля мышкой в соответствующие области. В качестве строк необходимо выбрать идентификатор изолята (RecordID), в качестве столбцов – АМП (Antibiotic), а для значений выбрать номера строк (Номер строки). Сводная таблица в Excel может работать только с числовыми значениями, поэтому и был дополнительно создан суррогатный столбец (Номер строки). Агрегирующая функция для значений не играет роли, так как все значения уникальны. После «разворота» таблица примет вид, показанный на рисунке ниже.

4. Скопировать таблицу без итогов и вставить как значения на новый лист.

5. Продублировать имена столбцов АМП для вставленной таблицы и добавить к ним коды («_sir», «_mic» или «_dd»), в представленном примере – _mic.

6. В новых столбцах с кодом «_mic» необходимо вставить значения МПК из исходного варанта таблицы (т.е. до разворота) с помощью функции ВПР(). Подробнее работа с функцией ВПР() описана выше. В качестве кодов выступает столбец Номера строк, в качестве замен – четвертый столбец ResultMICValue оригинальной таблицы.

   В пустые значения необходимо вставить функцию для замены номеров строк на МПК =ЕСЛИ(ЕПУСТО(B2); «»;ВПР(B2; Лист1!$A$1:$D$189; 4; ЛОЖЬ))

   В данной формуле проверяется, пустая ли ячейка, и если не пустая, то значение номера строки заменяется на МПК.

   • B2 – ячейка, содержащая номер строки, который подлежит замене
   • Лист1!$A$1:$D$189 – диапазон ячеек с данными исходной таблицы из пункта 1. Из этой таблицы мы и будем брать значения МПК для вставки вместо номеров ячеек
   • 4 – для замены необходимо использовать четвертый столбец
   • ЛОЖЬ – задается использование точного совпадения

   Результат работы этой функции показан на рисунке ниже.

7. Скопировать полученные данные (столбцы с кодами АМП и значениями МПК) и вставить как значения на место столбцов с АМП и номерами строк. Ячейки с формулами удалить.

6.3 Работа с WHONET

WHONET – это бесплатное настольное приложение Windows для управления и анализа данных микробиологических лабораторий с особым упором на наблюдение за устойчивостью к АМП. Программа разработана и поддержана Сотрудничающим центром ВОЗ по надзору за устойчивостью к АМП [68] .

Официальный сайт программы, где она доступна для загрузки – https://whonet.org.

Помимо встроенных справочников материалов, организмов и антибиотиков, программа имеет уже настроенные критерии интерпретации чувствительности EUCAST и CLSI (M100, M45, M60, M61, доступ к беcплатным ресурсам, в том числе ветеринарным VET03, VET04, VET06 и VET08), настроенные панели тестирования для каждого вида микроорганизмов и встроенную экспертную систему.

WHONET также включает модуль импорта данных под названием BacLink для сбора и стандартизации данных из существующих настольных приложений, лабораторных приборов и лабораторных информационных систем [69] . Подробнее о работе с данным модулем можно прочитать на официальном сайте программы, а также в разделе, посвященном работе с BacLink.

Механизмы построения отчетов предоставляют широкие возможности для анализа данных чувствительности. Данное руководство не ставит себе целью описывать все возможности программы WHONET, для этого лучше обратиться к официальной документации программы [70] , либо воспользоваться справкой в самой программе.

6.3.1 Создание новой лаборатории

Для начала работы с WHONET необходимо создать и сконфигурировать новую лабораторию [71] . При первом запуске программы предлагается выбрать лабораторию с демонстрационными данными.

Чтобы создать новую лабораторию, в стартовом окне программы необходимо нажать кнопку Новая лаборатория, в открывшемся окне выбрать страну Российская Федерация, ввести произвольное название лаборатории и указать её код. Код следует указывать латинскими символами, так как он будет использоваться в качестве расширения по умолчанию для всех файлов, связанных с созданной лабораторией. В дальнейшем при создании новых лабораторий можно копировать конфигурации лабораторий с помощью кнопки Скопировать лабораторию.

После этого необходимо пройти дополнительные шаги настройки, связанные с непосредственной деятельностью лаборатории, поэтому требуется заранее собрать информацию о АМП и методах тестирования, используемых в лаборатории, а также о стационарах, с которыми взаимодействует лаборатория и откуда поступают образцы.

6.3.1.1 Настройка антибиотиков (обязательно)

Для открытия окна настройки антибиотиков, методов и контрольных точек нужно нажать кнопку Антибиотики. Появится окно со списком антибиотиков, доступных в WHONET, (слева) и списков антибиотиков для работы в лаборатории.

Порядок добавления антибиотиков в лабораторию следующий:

1. Выбрать надлежащие рекомендации (рекомендуется EUCAST).
2. Кликнуть на нужный метод тестирования (DDM, MIC, Е-тест).
3. Выбрать подходящий антибиотик (и нагрузку диска, если речь идет о диско-диффузионном методе).

Чтобы выбрать антибиотик, нужно дважды кликнуть по нему или же кликнуть по нему один раз, а затем нажать на кнопку со стрелкой вправо –>. Для удаления выбранного антибиотика нужно нажать кнопку со стрелкой влево <–.

Дальнейшие настройки антиботиков необязательны, но тем не менее могут быть полезны.

6.3.1.2 Пограничные значения для антибиотиков (Breakpoints) (необязательно)

При вводе данных чувствительности программа автоматически интерпретирует их, исходя из установленных пограничных значений. В большинстве случаев их менять не требуется, но для особых случаев предусмотрена такая возможность. Чтобы открыть окно редактирования пограничных значений, требуется нажать кнопку Breakpoints.

Доступны следующие опции:

• Общие – используются для установки пограничных значений для всех видов.
• Видоспецифические – используются для установки пограничных значений для конкретных видов, по приоритету стоят выше общих (для EUCAST заполняются только видоспецифические пограничных значения). Все изменения необходимо осуществлять именно здесь.

Квалифицированные правила интерпретации служат для создания экспертных правил интерпретации.

6.3.1.3 Наборы антибиотиков (Панели) (необязательно)

В целях упрощения ввода данных присутствует возможность настроить панели тестируемых антибиотиков для каждой группы микроорганизмов с помощью кнопки Наборы. В открывшемся окне можно указать, какие антибиотики тестируются по каждому виду микроорганизмов. Однако в момент ввода данных допускается добавление результатов для антибиотиков, не предусмотренных в панели.

6.3.1.4 Отделение

Данная опция является необязательной с точки зрения работы программы WHONET, но обязательна в рамках организации мониторинга АР.

В рамках данного справочника можно завести несколько отделений из разных учреждений. При этом используется трехуровневая иерархическая структура: Учреждение – Отделение – Тип отделения. Справочники учреждений и отделений при этом могут быть отредактированы самим пользователем.

6.3.1.5 Поля данных

Программа WHONET автоматически определяет набор стандартных полей данных. К стандартным полям относится такая информация, как уникальный идентификатор пациента, местонахождение, дата получения образца, тип образца, микроорганизм/возбудитель, панель антибиотиков.

Для организации полноценного мониторинга АР может потребоваться внесение дополнительных полей, таких как диагноз пациента, локализация инфекции, другие значимые данные. Чтобы добавить такие поля, требуется нажать кнопку Поля данных в окне настройки лаборатории. Откроется окно Поля данных, в нем необходимо нажать кнопку Изменить список.

Слева находятся списки категорий данных WHONET (клинические данные, инфекционный контроль и т.п.) и полей данных (диагноз, дата поступления пациента и т.п.), из которых пользователь может выбирать нужные ему категории и поля. Справа – поля, которые доступны в конфигурации текущей лаборатории. Поля добавляются двойным нажатием либо кнопкой –>.

Для того, чтобы добавить поле, которое отсутствует в списке, нужно дважды кликнуть по пункту (Определенный для пользователя…) и в появившемся окне указать название, тип и описание нового поля.

Для полей можно определить справочники, которые будут использоваться для заполнения. Это позволит снизить количество ошибок, а также увеличит скорость ввода за счет кодов. Чтобы определить такие справочники, необходимо выбрать поле и нажать кнопку Код список.

На этом настройку лаборатории можно считать завершенной. После сохранения конфигурации можно приступать к вводу данных. Остальные разделы настройки являются более специфичными и не относятся к теме данного руководства. Работа с ними подробно описана в официальной документации к программе.

6.3.2 Ввод данных

Для организации хранения и формирования интерфейса для ввода информации WHONET использует структуру данных, определенную текущими настройками лаборатории. Структура данных – это своего рода инструкции, как должен быть устроен файл с данными. На основании структуры данных для лаборатории можно создать один или несколько файлов с данными. Это может быть полезно в случаях, когда одной конфигурацией пользуется несколько лабораторий одновременно, либо одна лаборатория хранит данные за разные периоды в разных файлах на диске.

Чтобы начать ввод, необходимо создать новый или выбрать существующий файл данных.

Откроется окно ввода данных.

Данные необходимо вводить в поля, расположенные в левой половине экрана. Когда курсор переключается на то или иное поле для ввода данных, в правом нижнем углу экрана появляются краткие инструкции и рекомендуемые коды данных для этого поля. Переходить по полям можно с помощью кнопок Enter, Tab, стрелками. После ввода даты и перехода к следующему полю пользователю следует убедиться в том, что дата была прочитана верно: WHONET автоматически преобразует числовое обозначение месяца в название месяца. При введении даты год может быть введен как в виде двузначной, так и в виде четырехзначной цифры. Числа, обозначающие день, месяц и год, должны быть разделены косой чертой /, дефисом или пробелом.

После того как будут введены все данные об изоляте, нужно нажать кнопку Сохранить изолят (или комбинация клавиш Alt+С). WHONET предложит три варианта сохранения записи:

• сохранить изолят,
• сохранить и продолжить работу с тем же изолятом,
• сохранить и продолжить работу с тем же пациентом.

Выбор одной из этих опций сохраняет информацию и очищает экран Ввод данных для ввода данных следующего изолята (полностью или частично).

6.3.3 Просмотр данных

При открытии файла данных всегда по умолчанию открывается форма для ввода нового образца. Чтобы посмотреть информацию по всем образцам в файле, нужно нажать на этой форме кнопку Просмотреть базу данных.

По данной таблице можно осуществлять поиск, удаление записей, вывод результатов на печать и даже осуществлять быстрое редактирование для некоторых полей. Чтобы перейти к полноценной форме редактирования, требуется выделить интересующую строку и нажать кнопку Редактировать.

6.3.4 Объединение данных

К преимуществам WHONET можно отнести концепцию разделения конфигурации лаборатории и ее файла данных. Благодаря этому на основе одной конфигурации можно создавать несколько файлов данных с одинаковой структурой и «протоколом» хранения для разных лабораторий, а затем объединять и агрегировать эти данные. На этом принципе построена работа в таких междунароных системах эпиднадзора за устойчивостью к АМП, как GLASS и CAESAR.

Порядок действий для объединения файлов WHONET, полученных от разных центров/лабораторий/стационаров:

1. Выбрать лабораторию с требуемой конфигурацией, нажать кнопку Открыть лабораторию.
2. В меню Ввод данных выбрать пункт Объединять, экспортировать или шифровать файлы данных.

3. В появившемся окне выбрать файлы, которые требуется объединить с помощью кнопки Файлы данных, указать, куда сохранить объединенный файл данных. Если данный файл предполагается передавать в сторонние центральные лаборатории или другие организации, необходимо отметить галочку Зашифровать информацию о пациентах. В этом случае персональные данные в объединенном файле будут удалены. Для начала процесса объединения необходимо нажать кнопку Совместить.

6.3.5 Экспорт данных

Одно из главных преимуществ WHONET состоит в возможности обмениваться стандартизированными данными с другими лабораториями, например, в национальной сети эпиднадзора.

Однако текущая версия WHONET не имеет достаточно гибких возможностей для углубленного анализа и представления данных, а также существенно ограничена при использовании мультидисциплинарной командой с целью мониторинга АР. Получаемые отчеты лишены интерактивности и удобных возможностей быстрого переключения параметров и сравнения полученных результатов. Для этого гораздо удобнее использовать AMRcloud. Существует возможность подготовить данные, хранящиеся в датафайлах программы WHONET, к загрузке в AMRcloud.

В общем случае алгоритм следующий:

1. Открыть в программе лабораторию, из которой нужно получить данные, выбрать в меню Анализ данных пункт Анализ данных.

2. Выбрать Тип анализа – Список изолята и сводка. В разделе Формат отчетов выбрать пункт Результат загрузки.

3. Выбрать Микроорганизмы, которые требуется включить в анализ.

4. Выбрать файл данных.
5. Установить вывод результата в формате Текст (WHONET).
6. Указать, куда сохранить файл экспорта.

Нажать кнопку Начать анализ. Программа сформирует текстовый файл, который необходимо загрузить в онлайн-конвертер, доступный по ссылке https://public.amrcloud.net/whonet. После прохождения всех шагов работы конвертера появится файл, пригодный для загрузки в AMRcloud.

Более подробное описание процедуры экспорта и работы с конвертером можно найти в официальном руководстве по ссылке https://amrcloud.net/ru/tutorials/whonet-converter.

6.4 Работа с BACLINK

Программа BacLink входит в состав программы WHONET и позволяет преобразовывать табличные файлы различных форматов, чтобы затем работать с ними уже в рамках программы WHONET [69] . Если решено отказаться от накопления данных в Excel и начать работать в WHONET, то программа BacLink максимально упростит этот переход и перенесет накопленные за долгое время данные [72] .

Официальное руководство по работе с программой доступно на сайте https://whonet.org/documentation.html , а также в самой программе.

В данном руководстве представлен алгоритм работы с программой на примере табличного файла с результатами тестирования.

Данный файл не удовлетворяет условию одна строка – один изолят. В каждой строке содержатся данные по чувствительности к отдельному антибиотику, при этом данные самого изолята повторяются. Мало того, что такой способ хранения неэффективно расходует место на диске, это затрудняет анализ полученных данных. Требуется преобразовать такой файл с помощью программы BacLink. Лучше всего программа работает с текстовыми файлами, поэтому, если данные хранятся в форматах Excel (.xls, .xlsx), необходимо их сохранение в формат CSV. Рекомендуется использовать латинские символы в именах полей.

Окно программы BacLink после запуска показано на рисунке.

Необходимо определить параметры файла с помощью кнопки Новый формат. Регистрационные данные лаборатории можно заполнить произвольно.

Затем нужно сопоставить поля файла с внутренними полями WHONET с помощью кнопки Структура файла.

Файл сохранен в формате CSV, значит, это текстовый файл с разбиением по полям, при этом разделителем полей служит символ точки с запятой ( ; ) и первая строка содержит заголовки полей. Если файл получен с помощью Excel, то по умолчанию используется кодировка Windows (ANSI).

Необходимо заполнить сведения об антибиотиках – нажать кнопку ****Антибиотики. В файле на изолят приходится несколько строк, при этом каждый изолят может тестироваться разными антибиотиками. Результаты чувствительности представлены МПК. Интерпретировать полученные результаты необходимо согласно EUCAST.

Один из самых важных этапов – сопоставление имеющихся полей данных с полями данных программы WHONET – кнопка Поля данных. Сначала необходимо получить список полей файла: выбрать файл с помощью кнопки Выбрать образцовый файл данных. В результате в правой части окна появятся заголовки столбцов импортируемой таблицы с примерами данных. Для сопоставления необходимо последовательно выбирать поле из левой колонки, затем из правой и нажимать кнопку [=], чтобы создать связь.

В файле используется формат даты ДД.ММ.ГГГГ, поэтому нужно установить формат данных D.M.Y. Часть полей отсутствует в списке Поля данных в новом файле, чтобы добавить новые поля, требуется нажать кнопку Изменить список данных полей и выбрать по очереди поля ESBL, CARBAPENEMASE и ADMISSION DATE, отметить галочку Демонстрировать в поле списка и нажать кнопку ОК.

По окончании сопоставления всех полей нужно нажать кнопку ОК. На этом определение структуры файла окончено, можно закрыть окно Структура файла с помощью кнопки ОК. Во время конверсии файлов программа BacLink пытается сопоставить значения полей файла со встроенными справочниками программы WHONET. Если нажать кнопку Коды и даты в окне конфигурации лаборатории, можно увидеть данные настройки, а также пути сохранения файлов с правилами сопоставлений. На данном этапе можно не заполнять данные настройки целиком, а лишь определить формат дат и назначить коды для определения пола. Также стоит обратить внимание на место сохранения файлов-словарей и при необходимости изменить его. Это может быть полезным в дальнейшем.

Далее необходимо определить, куда будет сохранен преобразованный файл – для этого нужно нажать кнопку Новый файл данных и указать путь.

C помощью кнопки Сохранить необходимо сохранить конфигурацию лаборатории и структуры файла. Эти настройки можно использовать повторно, если потребуется преобразовать еще несколько файлов с такой же структурой. В таком случае не придется заново задавать все параметры, достаточно будет указать файл конфигурации. После этого можно нажать кнопку Выход.

Теперь все готово к преобразованию и можно нажать кнопку Начать конверсию.

В процессе работы программа покажет несколько изолятов для демонстрации преобразования и по окончании выведет отчет о количестве обработанных изолятов. Так как при определении структуры файла не заполнялись словари замен, будут выведены коды, которые BacLink не смог интерпретировать. Их необходимо интерпретировать вручную.

Окно Непризнанные коды показывает, какие коды для каких полей остались нераспознанными. Необходимо последовательно выбрать каждое поле данных, нажать кнопку Определить коды и указать правильную интерпретацию.

Для примера можно взять поле Антибиотик: выделить поле данных Антибиотик и нажать кнопку Определить код.

В нижней части окна предлагаются возможные варианты замен. Для антибиотиков рекомендуется выбрать значения с пометкой EUCAST. После выбора замены необходимо нажать кнопку ОК. По мере сопоставления замен они будут исчезать из списка.

Возможна ситуация, когда программа сама не сможет предложить замену, например, при определении кодов организмов. В таком случае необходимо ввести в поле Поиск нужную замену и тем самым указать программе интерпретацию.

После определения всех кодов окно Непризнанные коды должно остаться пустым. Теперь можно нажать кнопку Продолжить.

Далее нужно повторить процедуру конвертации, но уже с определенными заменами для кодов, так как при первоначальной конверсии поля с нераспознанными кодами оставались пустыми. При дальнейшей конвертации подобных файлов коды заново определять не потребуется, так как они сохраняются в словарях. Для повторного запуска процедуры конвертации нужно нажать кнопку Начать конверсию повторно и согласиться на перезапись файла данных.

Теперь созданный файл можно использовать в программе WHONET и работать с ним как с обычным датафайлом лаборатории. Для этого нужно запустить программу и выбрать лабораторию.

Если ее нет, можно создать новую лабораторию на основе сконвертированного файла. Для этого нужно закрыть окно выбора лаборатории, выбрать в меню Файл пункт Создать лабораторию с файла данных. В открывшемся окне необходимо заполнить данные лаборатории и выбрать сконвертированный файл данных.

На основании этих данных программа WHONET создаст новую конфигурацию лаборатории, импортирует существующие настройки, добавит антибиотики, отделения и поля из датафайла и предложит дополнить информацию. Для лаборатории можно указать, с какими антибиотиками она работает, из каких отделений могут поступать пациенты, какие поля данных стоит заводить на изолят. Более подробно о том, как сконфигурировать лабораторию, написано в официальном руководстве программы WHONET, а также краткий обзор дается в приложении (6.3. Работа с WHONET](https://monitoring.amrcloud.net/docs/06/03/). Чтобы продолжить работу с конвертированным датафайлом, достаточно нажать кнопку Сохранить.

Для начала ввода необходимо выбрать в меню Ввод данных пункт Открыть файл данных и указать файл, который был получен после конвертации программой BacLink.

Откроется окно ввода новых данных. Для просмотра списка изолятов нужно нажать кнопку Посмотреть базу данных. Откроется таблица со всеми изолятами и результатами определения чувствительности.

6.5 Стандартные эпидемиологические определения случая инфекции

Определения случая инфекции адаптированы из следующих источников:

• Pan American Health Organization. Epidemiological Surveillance of Healthcare-Associated Infections [73] ;
• CDC. Procedure-associated Module. Surgical Site Infection (SSI) Event [74] ;
• IDSA. Clinical Practice Guideline for the Management of Asymptomatic Bacteriuria: 2019 [75] .

6.5.1 Пневмония

Пневмония должна удовлетворять одному из следующих критериев:

6.5.2 Лабораторно подтвержденная инфекция кровотока

Лабораторно подтвержденная инфекция кровотока должна удовлетворять одному из следующих критериев:

6.5.3 Инфекция мочевыводящих путей

Клинически выраженная инфекция мочевыводящих путей должна удовлетворять одному из следующих критериев:

6.5.4 Бессимптомная бактериурия

Бессимптомная бактериурия должна удовлетворять следующим критериям:

6.5.5 Инфекция области хирургического вмешательства

Поверхностная инфекция разреза возникает не позднее 30 дней после операции и вовлекает только кожу и подкожные ткани в области разреза.

Глубокая инфекция области хирургического вмешательства возникает не позднее 30 дней после операции при отсутствии имплантата или не позднее одного года при наличии имплантата в месте операции и вовлекает глубокие мягкие ткани (например, фасциальный и мышечный слой) в области разреза.

Инфекция полости/органа возникает не позднее 30 дней после операции при отсутствии имплантата или не позднее одного года при наличии имплантата в месте операции, с вовлечением органа или полости.