5.2 Алгоритмы базового анализа данных

Основная информация, которая может быть получена с помощью систем локального мониторинга и использована при составлении протокола АМТ: этиологическая структура возбудителей для различных групп пациентов и спектр активности антибиотиков в отношении ключевых возбудителей. Для получения данной информации в AMRcloud предусмотрен подход раздельного представления и анализа данных с помощью системы вкладок:

  • Структура данных;
  • Микроорганизмы;
  • Антибиотики (все);
  • Сравнения.

Работа с AMRcloud предусматривает фильтрацию набора данных. Фильтрация – это выборочное отображение данных по заданным критериям (выбор показателей в поле Параметры основные).

Параметры основные

5.2.1 Вкладка «Структура данных»

Предназначена для анализа всего объема данных (собранных в процессе мониторинга АР и загруженных в AMRcloud) в зависимости от выбранных параметров фильтрации и настроек в подвкладках: «Круговая диаграмма», «Группировать по», «Карта».

Вкладка «Структура данных»

5.2.1.1 Подвкладка «Круговая диаграмма»

Назначение:

Подвкладка Круговая диаграмма

Алгоритм работы:

  1. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется сразу переходить во вкладку Структура данных (т.е. просмотреть данные в общем – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Переход в подвкладку Круговая диаграмма.
  3. Выбор параметра для оценки из выпадающего списка.
  4. Нажатие кнопки Отобразить.

5.2.1.2 Подвкладка «Группировать по»

Назначение:

  • Оценка распределения долей в наборе данных по установленному параметру (параметр – это любой из столбцов метаданных, кроме группы «Отметки изолятов». Например, клинический материал, локализация инфекции и т.д.) в зависимости от другого параметра (даты или метаданных). Подробная информация про метаданные представлена в разделе 4.3. Сопроводительная эпидемиологическая, клиническая и демографическая информация.
  • Выявление опечаток в оформлении метаданных.

Настройки подвкладки Группировать по
Подвкладка Группировать по

Алгоритм работы:

  1. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется сразу переходить во вкладку Структура данных (т.е. просмотреть данные в общем – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Переход в подвкладку Группировать по.
  3. Выбор параметра для оценки из выпадающего списка.
  4. Нажатие кнопки Отобразить.

5.2.1.3 Подвкладка «Карта»

Назначение:

  • Оценка распределения долей в наборе данных по установленному параметру (параметр – это любой из столбцов метаданных, кроме группы «Отметки изолятов». Например, клинический материал, локализация инфекции и т.д.) в зависимости от географического расположения. Подробная информация про метаданные представлена в разделе 4.3. Сопроводительная эпидемиологическая, клиническая и демографическая информация.
  • Выявление опечаток в оформлении метаданных.
Подвкладка Карта

Алгоритм работы:

  1. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется сразу переходить во вкладку Структура данных (т.е. просмотреть данные в общем – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Переход в подвкладку Карта.
  3. Выбор параметра для оценки из выпадающего списка.
  4. Нажатие кнопки Отобразить.

5.2.2 Вкладка «Микроорганизмы»

Назначение:

  • Представление этиологической структуры возбудителей (вид и группа микроорганизмов) в зависимости от выбранных параметров фильтрации.

Особенности:

  • Гистограмма – отображение 10 топовых (самых частых) возбудителей.
  • Таблица – последовательное представление всех возбудителей в зависимости от частоты встречаемости в выборке (анализируемый набор в зависимости от выбранных фильтров).

Настройки вкладки Микроорганизмы
Гистограмма Топ 10 Групп Микроорганизмов

Алгоритм работы:

  1. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется сразу переходить во вкладку Микроорганизмы (т.е. просмотреть данные в общем – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Нажатие кнопки Отобразить.

5.2.3 Вкладка «Антибиотики (все)»

Назначение:

  • Сводное представление категорий чувствительности микроорганизмов в пределах одной группы микроорганизмов, с учетом выбранных параметров фильтрации и АМП из выпадающего списка. Особенности:
  • Выбор источника данных S/I/R:
    • объединенные данные S/I/R (столбцы АМП_sir);
    • автоинтерпретация из МПК (клинические категории чувствительности, вычисленные AMRcloud в результате применения выбранных критериев интерпретации к столбцам АМП_mic);
    • автоинтерпретация из диаметров зон подавления роста (клинические категории чувствительности, вычисленные AMRcloud в результате применения выбранных критериев интерпретации к столбцам АМП_dd).
  • Изменение варианта отображения: S/I/R, S/I+R, S+I/R.
  • Представление в виде гистограммы или таблицы.

Настройка вкладки Антибиотики (все)
Гистограмма Антибиотики (все)

Алгоритм работы:

  1. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры основные с обязательным выбором группы микроорганизмов. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется выбрать группу микроорганизмов и сразу переходить во вкладку Антибиотики (все) (т.е. просмотреть данные в общем – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Выбор Источника данных S/I/R.
  3. Выбор подходящего варианта отображения.
  4. Нажатие кнопки Отобразить.
Персональная настройка вкладки «Антибиотики (все)»

5.2.4 Вкладка «Сравнения»

Предназначена для анализа всего объема данных (собранных в процессе мониторинга АР и загруженных в AMRcloud) в зависимости от выбранных параметров фильтрации в полях («Параметры основные» и «Параметры сравнения»), а также настроек в подвкладках: «Структура данных», «S/I/R», «Детерминанты». В рамках данной вкладки осуществляется сравнение различных параметров (метаданных, чувствительности к АМП, маркеров АР и т.д.) между условными группами «Параметры основные» и «Параметры сравнения», формируемыми на основании произвольной (представляющей интерес для специалиста) фильтрации данных.

Настройка вкладки Сравнения

5.2.4.1 Подвкладка «Структура данных»

Назначение:

  • Сравнение распределения долей в наборе данных по выбранным параметрам фильтрации и установленному параметру (параметр – это любой из столбцов метаданных, кроме группы «Отметки изолятов». Например, клинический материал, локализация инфекции и т.д.) между сформированными группами «Параметры основные» и «Параметры сравнения». Подробная информация про метаданные представлена в разделе 4.3. Сопроводительная эпидемиологическая, клиническая и демографическая информация.

Особенности:

  • Возможность просмотра результатов в виде гистограммы и таблицы.
Подвкладка Структура данных

Алгоритм работы:

  1. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры основные.
  2. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры сравнения.
  3. Переход в подвкладку Структура данных.
  4. Выбор параметра для оценки из выпадающего списка.
  5. Нажатие кнопки Отобразить.

5.2.4.2 Подвкладка «S/I/R»

Назначение:

  • Сравнение распределения категорий чувствительности и значений МПК, диаметров зон подавления роста выбранной группы микроорганизмов по определенным параметрам (параметр – это любой из столбцов метаданных, кроме группы «Отметки изолятов». Например, клинический материал, локализация инфекции и т.д.) между сформированными группами «Параметры основные» и «Параметры сравнения».

Особенности:

  • Выбор источника данных S/I/R:
    • объединенные данные S/I/R (столбцы АМП_sir);
    • автоинтерпретация из МПК (клинические категории чувствительности, вычисленные AMRcloud в результате применения выбранных критериев интерпретации к столбцам АМП_mic);
    • автоинтерпретация из диаметров зон подавления роста (клинические категории чувствительности, вычисленные AMRcloud в результате применения выбранных критериев интерпретации к столбцам АМП_dd).
  • Возможность просмотра результатов в виде гистограммы и таблицы.

Подвкладка SIR
Подвкладка SIR

Алгоритм работы:

  1. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры основные.
  2. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры сравнения.
  3. Переход в подвкладку S/I/R.
  4. Выбор Источника данных S/I/R.
  5. Выбор антимикробного препарата из выпадающего списка.
  6. Нажатие кнопки Отобразить.

5.2.4.3 Подвкладка «Детерминанты»

Назначение:

  • Сравнение распределения долей маркеров (маркеры – столбцы метаданных, объединенные в группу «Отметки изолятов»: необычные фенотипы, генетические детерминанты, маркеры вирулентности) по определенным параметрам фильтрации (параметр – это любой из столбцов метаданных, кроме группы «Отметки изолятов». Например, клинический материал, локализация инфекции и т.д.) между сформированными группами «Параметры основные» и «Параметры сравнения».

Особенности:

  • Возможность просмотра результатов в виде гистограммы и таблицы.
Подвкладка Детерминанты

Алгоритм работы:

  1. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры основные.
  2. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры сравнения.
  3. Переход в подвкладку Детерминанты.
  4. Выбор группы маркеров и перечня маркеров из выпадающих списков.
  5. Нажатие кнопки Отобразить.

Изменено 27 сентября 2021