4.1 Сценарии потоков данных

В зависимости от оснащения лаборатории, возможны различные способы организации потоков данных. При организации мониторинга АР важным является вопрос, как имеющимися программными средствами получить файл, пригодный для последующей обработки и анализа в системе AMRcloud или других программных комплексах.

Рассмотрим основные способы организации потоков данных в лаборатории:

  • В лаборатории используется ЛИС/МИС и все данные регистрируются внутри этих систем;
  • В лаборатории установлена программа WHONET, данные находятся в ней;
  • В лаборатории отсутствуют какие-либо программные инструменты.

В первом случае можно посоветовать связаться с разработчиками используемой ЛИС/МИС и рассмотреть с ними возможность реализации нового формата отчета (т.е. «выгрузки» исходных данных), отвечающего требованиям к документу из раздела 4.2. Шаблон для сбора и ввода данных.

Если же создание такого отчета не представляется возможным, на помощь могут прийти сторонние инструменты, такие как программа BacLink (входит в состав программы WHONET), которая позволит преобразовать файл отчета в формат WHONET, далее из формата WHONET можно получить отчет в формате AMRcloud. Подробная информация представлена в приложении 6.4. Работа с BACLINK.

Во втором случае, если в лаборатории уже выстроена работа с программой WHONET, советуем обратиться к приложению 6.3. Работа с WHONET, в котором описан необходимый алгоритм получения отчета, пригодного для загрузки в AMRcloud.

Если же у лаборатории отсутствуют какие-либо программные инструменты, а микробиологический журнал ведется в таблице Excel, то настоятельно рекомендуется проверить его соответствие требованиям, предъявляемым к документу из раздела 4.2. Шаблон для сбора и ввода данных. Следование этим требованиям значительно повысит качество вводимых данных и упростит решение задач мониторинга АР.

Кроме того, рекомендуем обратить внимание на бесплатную программу WHONET (http://whonet.org), призванную организовать и упростить в лаборатории ввод, хранение и анализ данных АР. Данная программа имеет большое количество встроенных справочников и средств, упрощающих ввод данных МИ. Модули экспорта и анализа также разработаны с учетом особенностей данных АР и могут помочь в организации процесса мониторинга, а также содержат готовые шаблоны для подготовки файлов в формате международных проектов по мониторингу АР, таких как GLASS и CAESAR. Программа BacLink позволяет перенести накопленные данные в WHONET и продолжить с ними работу. Несомненно, такой переход может потребовать трудовых и временных затрат на освоение новых программ, но это существенно упростит организацию, хранение и анализ данных лаборатории и позволит быстрее выстроить систему мониторинга АР.


Изменено 27 сентября 2021