5.3 Углубленный анализ данных

Расширенный объем информации, который может быть получен с помощью систем локального мониторинга и использован при составлении протокола АМТ: оценка активности определенных АМП к выбранным видам микроорганизмов, активности АМП при устойчивости к другим АМП и определении значимости метаданных. Для получения данной информации в AMRcloud предусмотрен подход раздельного представления и анализа данных с помощью системы вкладок:

  • Выбранный антибиотик;
  • Ассоциированная устойчивость;
  • Маркеры.

5.3.1 Вкладка «Выбранный антибиотик»

Предназначена для анализа данных (собранных в процессе мониторинга АР и загруженных в AMRcloud) в зависимости от нескольких параметров:

  1. Группа микроорганизмов.
  2. Источник данных S/I/R.
  3. Антимикробный препарат.
  4. Фильтры и настройки в подвкладках.

Вкладка «Выбранный антибиотик» включает подвкладки: «S/I/R графики», «Карта», «МПК», «Диаметры зон».

Основные разделы вкладки «Выбранный антибиотик»

5.3.1.1 Подвкладка «S/I/R графики»

Назначение:

  • Оценка распределения доли выбранной группы микроорганизмов с различной категорией чувствительности (S, I, R) к выбранному АМП в зависимости от установленного параметра (параметр – это дата или любой из столбцов метаданных, кроме группы «Отметки изолятов». Например, клинический материал, локализация инфекции и т.д.). Подробная информация про метаданные представлена в разделе 4.3. Сопроводительная эпидемиологическая, клиническая и демографическая информация.
  • Выявление опечаток в оформлении метаданных.

Особенности:

  • Подраздел «Суммарная информация» включает круговую диаграмму и таблицу.
    Раздел Суммарная информация
  • Подраздел «Группировать по» включает настройки: тип графика, сортировка, тип сортировки. А также модуль сравнения нечувствительных изолятов с отображением по типу граф или матрица.
    Раздел Группировать по (настройка и пример гистограммы)
    Раздел Группировать по. Отображение сравнений по типу - граф
  • Подраздел «Таблица» с поиском по столбцам.

Алгоритм работы:

  1. Выбор одной группы микроорганизмов и других значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется выбрать группу микроорганизмов и сразу переходить во вкладку Выбранный антибиотик (т.е. просмотреть данные в общем для группы микроорганизмов – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Выбор Источника данных S/I/R.
  3. Выбор антимикробного препарата (из выпадающего списка).
  4. Переход в подвкладку S/I/R графики.
  5. Выбор варианта отображения.
  6. Выбор способа группировки (параметра из выпадающего списка).
  7. Настройка ширины 95%ДИ (уменьшение ширины 95% ДИ позволяет выявлять статистически значимые различия, исключает малую выборку).
  8. Нажатие кнопки Отобразить.
  9. Переход в подраздел.
  10. Настройка подраздела.

Таблица 5.3.1. Настройки подраздела «Группировать по»

Параметр Варианты
Тип графика Гистограмма + 95%ДИ
Гистограмма
Тренд
Линия
Площадь
Сортировка S/S +I
R/ I+R
Наименование – параметр метаданных
N – абсолютное количество
Тип сортировки Нисходящая – от большего к меньшему / в обратном алфавитном порядке
Восходящая – от меньшего к большему / в алфавитном порядке
Отображение сравнений Граф – связи между узлами = статистически значимые отличия между долями
Матрица – при устойчивости к АМП1 устойчивость к АМП2 будет с вероятностью = пересечение столбцов

5.3.1.2 Подвкладка «Карта»

Назначение:

  • Оценка распределения доли микроорганизмов с различной категорией чувствительности к выбранному АМП в зависимости от географического объекта.
  • Выявление опечаток в оформлении метаданных – группа «География ».

Особенности:

  • Подраздел «Карта» с настройкой размера точек и порога оповещения (процент устойчивых изолятов, начиная со значений которого отображается %R на карте).
    Подвкладка Карта
  • Подраздел «Рейтинг» – последовательность географических объектов в зависимости от доли устойчивых изолятов, отсортированная от большего значения к меньшему.
    Подвкладка Рейтинг
  • Подраздел «Регрессия» – зависимость доли устойчивых изолятов по различным географическим объектам от года выделения изолята.
    Подвкладка Регрессия

Алгоритм работы:

  1. Выбор одной группы микроорганизмов и других значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется выбрать группу микроорганизмов и сразу переходить во вкладку Выбранный антибиотик (т.е. просмотреть данные в общем для группы микроорганизмов – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Выбор Источника данных S/I/R.
  3. Выбор антимикробного препарата (из выпадающего списка).
  4. Переход в подвкладку Карта.
  5. Выбор варианта отображения.
  6. Нажатие кнопки Отобразить.
  7. Переход в подраздел.
  8. Настройка подраздела.

5.3.1.3 Подвкладка «МПК»

Назначение:

  • Анализ распределения значений МПК выбранного АМП (применяется к столбцам вида АМП_mic).

Особенности:

  • Подраздел «МПК тренд» – распределение значений МПК антимикробного препарата в зависимости от параметра группировки (дата или любой столбец из метаданных, за исключением группы «Отметки изолятов») с получением информации по выбранной области значений Получение информации по выбранной области включает распределение МПК, таблицу с данными МПК + метаданные по каждому изоляту.

Подвкладка МПК
Подвкладка МПК тренд

Алгоритм работы:

  1. Выбор одной группы микроорганизмов и других значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется выбрать группу микроорганизмов и сразу переходить во вкладку Выбранный антибиотик (т.е. просмотреть данные в общем для группы микроорганизмов – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Выбор Источника данных S/I/R – Автоинтерпретация из МПК.
  3. Выбор антимикробного препарата (из выпадающего списка)
  4. Переход в подвкладку МПК.
  5. Выбор параметра из выпадающего списка Группировать по.
  6. Нажатие кнопки Отобразить.
  7. Настройка вкладки (МПК%, размер точек).
  8. Выделение необходимой области (серии «точек») с помощью левой кнопки мыши.
  9. Нажатие кнопки Получить информацию.

Пункты 7–9 приведены для подраздела МПК тренд.

5.3.1.4 Подвкладка «Диаметры зон»

Назначение:

  • Анализ распределения значений диаметров зон подавления роста выбранного АМП (применяется к столбцам вида АМП_dd).

Особенности:

  • Подраздел «Диаметры зон (тренд)» – распределение значений диаметров зон подавления роста АМП в зависимости от параметра группировки (дата или любой столбец из метаданных, за исключением группы «Отметки изолятов») с получением информации по выбранной области значений.

Получение информации по выбранной области включает распределение значений диаметров зон подавления роста, таблицу с данными диаметров зон подавления роста + метаданные по каждому изоляту.

Подвкладка Диаметры зон
Подвкладка Диаметры зон тренд

Алгоритм работы:

  1. Выбор одной группы микроорганизмов и других значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется выбрать группу микроорганизмов и сразу переходить во вкладку Выбранный антибиотик (т.е. просмотреть данные в общем для группы микроорганизмов – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Выбор Источника данных S/I/R – Автоинтерпретация из диаметров зон.
  3. Выбор антимикробного препарата (из выпадающего списка).
  4. Переход в подвкладку Диаметры зон.
  5. Выбор параметра из выпадающего списка Группировать по.
  6. Нажатие кнопки Отобразить.
  7. Настройка вкладки (размер точек).
  8. Выделение необходимой области (серии «точек») с помощью левой кнопки мыши.
  9. Нажатие кнопки Получить информацию.

Пункты 7–9 приведены для подраздела Диаметры зон (тренд).

5.3.2 Вкладка «Ассоциированная устойчивость»

Предназначена для анализа у выбранной группы микроорганизмов взаимосвязей:

  1. Вероятность наличия устойчивости к АМП2 при условии наличия устойчивости к АМП1 (Устойчивость к АМП1 -> Устойчивость к АМП2).
  2. Устойчивость к нескольким АМП одновременно (Устойчивость к АМП1+Устойчивость к АМП2+Устойчивость к АМП..n = %).
  3. Выявление значений МПК2 при определенном значении МПК1 (Значение МПК1 -> Значение МПК2).

Вкладка «Ассоциированная устойчивость» включает подвкладки: «Матрица», «Множественная устойчивость», «Диаграмма рассеяния».

Основные разделы вкладки «Ассоциированная устойчивость»

5.3.2.1 Подвкладка «Матрица»

Назначение:

  • Оценка вероятности появления устойчивости к АМП1 при наличии устойчивости к АМП2.

Особенности:

  • Выбор Источника данных S/I/R:
    • объединенные данные S/I/R (столбцы АМП_sir);
    • автоинтерпретация из МПК (клинические категории чувствительности, вычисленные AMRcloud в результате применения выбранных критериев интерпретации к столбцам АМП_mic);
    • автоинтерпретация из диаметров зон подавления роста (клинические категории чувствительности, вычисленные AMRcloud в результате применения выбранных критериев интерпретации к столбцам АМП_dd).
  • Подразделы: матрица, таблица.
Матрица

Алгоритм работы:

  1. Выбор одной группы микроорганизмов и других значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется выбрать группу микроорганизмов и сразу переходить во вкладку Ассоциированная устойчивость (т.е. просмотреть данные в общем для группы микроорганизмов – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Выбор Источника данных S/I/R.
  3. Нажатие кнопки Отобразить.
  4. Переход в подраздел.
  5. Настройка ширины 95% ДИ (уменьшение ширины 95% ДИ позволяет выявлять статистически значимые различия, исключает малую выборку).
  6. Выбор комбинации АМП.
  7. Оценка вероятности устойчивости к АМП2, при устойчивости к АМП1 ( АМП1 – вертикальный столбец, АМП2 – горизонтальный столбец).
  8. Поиск записей с использованием фильтра.

Пункты 6–7 приведены для подраздела Матрица.

Пункт 8 приведен для подраздела Таблица.

5.3.2.2 Подвкладка «Множественная устойчивость»

Назначение:

  • Определение процента устойчивых изолятов выбранной группы, исходя из комбинации АМП.

Особенности:

  • Выбор Источника данных S/I/R:
    • объединенные данные S/I/R (столбцы АМП_sir);
    • автоинтерпретация из МПК (клинические категории чувствительности, вычисленные AMRcloud в результате применения выбранных критериев интерпретации к столбцам АМП_mic);
    • автоинтерпретация из диаметров зон подавления роста (клинические категории чувствительности, вычисленные AMRcloud в результате применения выбранных критериев интерпретации к столбцам АМП_dd).
  • Различные комбинации АМП.
  • Выбор количества АМП, к которым наблюдается устойчивость.
Подвкладка Множественная устойчивость

Алгоритм работы:

  1. Выбор одной группы микроорганизмов и других значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется выбрать группу микроорганизмов и сразу переходить во вкладку Ассоциированная устойчивость (т.е. просмотреть данные в общем для группы микроорганизмов – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Выбор Источника данных S/I/R.
  3. Выбор антимикробных препаратов из выпадающего списка.
  4. Выбор минимального количества АМП, для которых наблюдается устойчивость (R как минимум к N антибиотикам).
  5. Нажатие кнопки Отобразить.

5.3.2.3 Подвкладка «Диаграмма рассеяния»

Назначение:

  • Соотношение распределений значений МПК, диаметров зон подавления роста и SIR для двух различных АМП. Особенности: - Выбор различных комбинаций АМП.
Подвкладка Диаграмма рассеяния

Алгоритм работы:

  1. Выбор одной группы микроорганизмов и других значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется выбрать группу микроорганизмов и сразу переходить во вкладку Ассоциированная устойчивость (т.е. просмотреть данные в общем для группы микроорганизмов – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Выбор антимикробных препаратов из выпадающих списков.
  3. Нажатие кнопки Отобразить.
  4. Настройка размера точек.

5.3.3 Вкладка «Маркеры»

Предназначена для анализа необычных фенотипов, генетических детерминант, маркеров вирулентности в данных (собранных в процессе мониторинга АР и загруженных в AMRcloud).

Вкладка «Маркеры» включает подвкладки: «Маркеры», «Группировать по», «Карта», «Карта х2», «Антибиотики (все)», «МПК», «Диаметры зон», «Время первого обнаружения».

Вкладка «Маркеры»

5.3.3.1 Подвкладка «Маркеры»

Назначение:

  • Оценка распределения долей маркеров (маркеры – столбцы метаданных, объединенные в группу «Отметки изолятов»: необычные фенотипы, генетические детерминанты, маркеры вирулентности).
Подвкладка Маркеры

Алгоритм работы:

  1. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется сразу переходить во вкладку Маркеры (т.е. просмотреть данные в общем – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Выбор группы маркеров и перечня конкретных маркеров из выпадающих списков.
  3. Переход в подвкладку Маркеры.
  4. Нажатие кнопки Отобразить.

5.3.3.2 Подвкладка «Группировать по»

Назначение:

Особенности:

  • Индивидуальная настройка подвкладки: тип графика, сортировка, тип сортировки, вариант расчета.
  • Подразделы: график, таблица.
Подвкладка Группировать по

Алгоритм работы:

  1. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется сразу переходить во вкладку Маркеры (т.е. просмотреть данные в общем – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Выбор группы маркеров и перечня конкретных маркеров из выпадающих списков.
  3. Переход в подвкладку Группировать по.
  4. Выбор параметра для оценки из выпадающего списка.
  5. Нажатие кнопки Отобразить.
  6. Настройка подвкладки.
  7. Выбор подраздела.

5.3.3.3 Подвкладка «Карта»

Назначение:

  • Оценка распределения долей маркеров в наборе данных в зависимости от географического расположения.

Алгоритм работы:

  1. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется сразу переходить во вкладку Маркеры (т.е. просмотреть данные в общем – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Выбор группы маркеров и перечня конкретных маркеров из выпадающих списков.
  3. Переход в подвкладку Карта.
  4. Нажатие кнопки Отобразить.
  5. Настройка размера точек.

5.3.3.4 Подвкладка «Карта х2»

Назначение:

  • Одновременная оценка распределения долей маркеров и результатов определения чувствительности в зависимости от географического расположения.

Особенности:

  • Выбор источника данных S/I/R:
    • объединенные данные S/I/R (столбцы АМП_sir);
    • автоинтерпретация из МПК (клинические категории чувствительности, вычисленные AMRcloud в результате применения выбранных критериев интерпретации к столбцам АМП_mic);
    • автоинтерпретация из диаметров зон подавления роста (клинические категории чувствительности, вычисленные AMRcloud в результате применения выбранных критериев интерпретации к столбцам АМП_dd);
  • Выбор АМП;
  • Выбор категории: SIR, S+I, R, R+I.
Подвкладка Карта х2

Алгоритм работы:

  1. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется сразу переходить во вкладку Маркеры (т.е. просмотреть данные в общем – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Выбор группы маркеров и перечня конкретных маркеров из выпадающих списков.
  3. Переход в подвкладку Карта х2.
    Настройка Подвкладки Карта х2
  4. Выбор Источника данных S/I/R
  5. Выбор антимикробного препарата из выпадающего списка.
  6. Выбор категории.
  7. Нажатие кнопки .Отобразить.
  8. Настройка размера точек.

5.3.3.5 Подвкладка «Антибиотики (все)»

Назначение:

  • Сводное представление категорий чувствительности микроорганизмов с учетом выбранных маркеров.

Особенности:

  • Выбор источника данных S/I/R:
    • объединенные данные S/I/R (столбцы АМП_sir);
    • автоинтерпретация из МПК (клинические категории чувствительности, вычисленные AMRcloud в результате применения выбранных критериев интерпретации к столбцам АМП_mic);
    • автоинтерпретация из диаметров зон подавления роста (клинические категории чувствительности, вычисленные AMRcloud в результате применения выбранных критериев интерпретации к столбцам АМП_dd);
  • Подразделы: «График», «Таблица».
Антибиотики (все)

Алгоритм работы:

  1. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется сразу переходить во вкладку Маркеры (т.е. просмотреть данные в общем – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Выбор группы маркеров и перечня конкретных маркеров из выпадающих списков.
  3. Выбор Источника данных S/I/R.
  4. Нажатие кнопки Отобразить.
  5. Переход в подраздел.
  6. Выбор списка антимикробных препаратов.
  7. Поиск записей с использованием фильтра.

Пункт 5 приведен для подраздела График. Пункт 6 приведен для подраздела Таблица.

5.3.3.6 Подвкладка «МПК»

Назначение:

  • Анализ распределения маркеров устойчивости в зависимости от значений МПК выбранного антимикробного препарата.

Особенности:

  • Подраздел «МПК тренд» – распределение маркеров устойчивости в зависимости от значений МПК выбранного антимикробного препарата с получением информации по выделенной области значений. Получение информации по выделенной области включает распределение МПК, таблицу с данными МПК + метаданные по каждому изоляту с маркерами устойчивости.

Подвкладка МПК
Подвкладка МПК тренд

Алгоритм работы:

  1. Выбор группы микроорганизмов и других значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется сразу переходить во вкладку Маркеры (т.е. просмотреть данные в общем для группы микроорганизмов – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Выбор группы маркеров и перечня конкретных маркеров из выпадающих списков.
  3. Переход в подвкладку МПК.
  4. Выбор антимикробного препарата (из выпадающего списка).
  5. Нажатие кнопки Отобразить.
  6. Настройка вкладки (размер точек).
  7. Выделение необходимой области (серии «точек») с помощью левой кнопки мыши.
  8. Нажатие кнопки Получить информацию.

Пункты 6–8 приведены для подраздела МПК тренд.

5.3.3.7 Подвкладка «Диаметры зон»

Назначение:

  • Анализ распределения маркеров устойчивости в зависимости от значений диаметров зон подавления роста выбранного АМП.

Особенности:

  • Подраздел «Диаметры зон (тренд)» – распределение маркеров устойчивости в зависимости от значений диаметров зон подавления роста выбранного АМП с получением информации по выделенной области значений. Получение информации по выбранной области включает распределение значений диаметров зон подавления роста, таблицу с данными диаметров зон подавления роста + метаданные по каждому изоляту с маркерами устойчивости.

Подвкладка Диаметры зон
Подвкладка Диаметры зон тренд

Алгоритм работы:

  1. Выбор группы микроорганизмов и других значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется сразу переходить во вкладку Маркеры (т.е. просмотреть данные в общем для группы микроорганизмов – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Выбор группы маркеров и перечня конкретных маркеров из выпадающих списков.
  3. Переход в подвкладку Диаметры зон.
  4. Выбор антимикробного препарата (из выпадающего списка).
  5. Нажатие кнопки Отобразить.
  6. Настройка вкладки (размер точек).
  7. Выделение необходимой области (серии «точек») с помощью левой кнопки мыши.
  8. Нажатие кнопки Получить информацию.

Пункты 6–8 приведены для подраздела Диаметры зон (тренд).

5.3.3.8 Подвкладка «Время первого обнаружения»

Назначение:

Подвкладка Время первого обнаружения

Алгоритм работы:

  1. Выбор необходимых значений в фильтрах поля Параметры основные. При первом знакомстве с загруженным набором данных рекомендуется сразу переходить во вкладку Маркеры (т.е. просмотреть данные в общем – не используя фильтры, затем выполнить выбор фильтров в поле Параметры основные).
  2. Выбор группы маркеров и перечня конкретных маркеров из выпадающих списков.
  3. Переход в подвкладку Время первого обнаружения.
  4. Выбор маркера из выпадающего списка (если в пункте 2 выбран более чем 1 маркер).
  5. Выбор параметра для оценки из выпадающего списка.
  6. Нажатие кнопки Отобразить.
Изменено 15 января 2024